Nye basisutstillinger
I første halvdel av 1990-årene ble det åpnet tre store basisutstillinger. Først den nye utstillingen om samisk kultur, allerede høsten 1990, og deretter to utstillinger som viste museets omfattende samlinger av folkekunst og folkedrakter.
Utstillingen «MED EGIN HAND» åpnet i 1993. I 1999 ble den ombygd til «Norsk Folkekunst».
I 1994 åpnet utstillingen «Folk og klede – skikk og bruk» Utstillingen viste norske folkedrakter fra forskjellige deler av landet, slik de ble brukt til fest og hverdag, og bygde på mer enn hundre års forskning, feltarbeid og innsamling.
Temporærutstillinger
Ibsenmuseet
I 1993 overtok museet ansvar for drift og videre utvikling av Ibsenmuseet i Arbins gate 1. Det ble nå organisert som en avdeling av Norsk Folkemuseum. Ibsens arbeidsværelse, som var overført til museet i 1914 og hadde vært utstilit i Bysamlingen, ble nå flyttet til Arbins gate.
100-års jubileet
I Friluftsmuseet
Nyheter i Friluftsmuseet var først bedehuset fra Rogaland, som var overført til museet 1977, og nå sto ferdig gjenoppført (1992). Deretter bl e en kopi av en bensinstasjon fra Holmestrand Jern- og Farvehandel fra 1928 satt opp (1993).
Sagastua
Den mest spennende nyheten i Friluftsmuseet var den såkalte «Sagastua» – en kopi av Kjellebergstua fra Valle i Setesdal. Den ble oppført (1992-1994) og åpnet for nye levende måter å formidle på, siden det her ikke var krav til vern av en antikvarisk bygning. Også det lille posthuset fra Svartdal ble gjenoppført på museet i 1994.
Nytt besøkssenter
Samlingsforvaltning
Det ble bygd nytt sentralmagasin (ferdig i 1995) på museet og gjenstands- og billedkatalogene ble digitalisert i databaseprogrammet PRIMUS, som ble utviklet på museet. Store deler av samlingen ble revidert, fotografert og plassert i nytt magasin. Det ble også innredet nytt konserveringsatelier og nytt dokumentasjonssenter.
Forskning: Menneske og bomiljø
Fra 1995 til 2000 ledet museet det store nettverksprosjektet «Menneske og bomiljø», med deltakelse fra en rekke museer og to universitetsinstitutt, og med støtte fra Norges forskningsråd.
Prosjektet resulterte i flere publikasjoner, både artikkelsamlinger og monografier. To av museets prosjektdeltakere avla dessuten doktorgrad..