Preken, skriftlesing og salmesang spilte fra nå av en større rolle enn før, mens katolske skikker som brenning av røkelse, stenking med vievann og ringing med kirkeklokker under nattverden forholdsvis raskt forsvant. Alt dette gjenspeilet seg også i kirkerommets innredning.
I katolske kirker lå skipet i halvmørke, mens utsmykningen var konsentrert om høyalteret i koret med brennende lys, helgenskrin, hellige kar og kostbare tekstiler. Etter reformasjonen ble kontrasten mellom skip og kor gradvis mindre. Nesten alle kirker hadde riktignok fortsatt et tydelig fysisk korskille, men større vinduer og lysekroner i taket ga en jevnere fordeling av lyset. Den økte lysmengden skulle først og fremst gjøre det lettere å lese i Bibel og salmebok, men skapte samtidig en mulighet for å dekorere alle deler av interiøret. Mye av mystikken i de katolske messene ble borte, men menigheten tok mer aktivt del i gudstjenesten.
Endringene i kirkerommet etter reformasjonen dreide seg hovedsakelig om å fjerne de katolske sidealtrene med helgenbilder på hver side av koret og å legge forholdene bedre til rette for forkynnelsen av Ordet. Prekestolen fikk derfor en mer sentral plassering enn før og ble hevet opp fra gulvet slik at presten kunne ses og høres bedre. Prekenen i den lutherske gudstjenesten varte ofte svært lenge. Dette skapte et behov for faste benker i skipet der menigheten kunne sitte. Senere ble det også bygget gallerier for å få plass nok til alle. Sammen med prekestolen utgjorde alteret og døpefonten de tre tyngdepunktene i kirkeinteriøret. De var knyttet til henholdsvis nattverd og dåp, de to eneste gjenværende sakramentene. Menigheten skulle knele under nattverden, og på 1600-tallet begynte man å sette en alterring foran alteret. Orgler fantes fram til 1700-tallet nesten bare i byene.
Bruken av bilder var omstridt i den lutherske kirken. Sørover i Europa foregikk det en hissig debatt om dette spørsmålet som til en viss grad nådde Norge. Nidkjære protestanter ville tilbedelsen av helgenbilder til livs, og i mange land ble en rekke kirker nærmest renset for religiøse bilder og skulpturer. Noen tilsvarende «bildestorm » kom aldri til Norge, men enkelte steder ble helgenfigurer og bilder fjernet fra altrene også her. De gamle krusifiksene fikk derimot stort sett stå. På begynnelsen av 1600-tallet ebbet den lutherske bilde fiendtlig heten mer eller mindre ut. Martin Luther var i utgangspunktet ikke mot bilder. Det avgjørende var hvordan folk forholdt seg til dem og hvilken betydning de ble tillagt.
Tekstaltertavler med sitater fra Bibelen og Luthers lille katekisme fikk en viss utbredelse i Norge fra ca. 1580 – delvis som en konsekvens av teologenes skepsis til bilder, men også som en markering av Skriftens og katekismens sentrale betydning i forkynnelsen. Om den første tiden etter reformasjonen var relativt fattig på kirkelig utsmykning, kom det nye impulser på 1600-tallet. Da blomstret kirkekunsten opp igjen med prektige inventarstykker og fargerike figurframstillinger.