Katolisismens sterke stilling kan forklares på flere måter. Den viktigste grunnen var trolig at geistlighetens moralske forfall ikke hadde kommet like langt som ellers i Europa. I tillegg var Norge blitt så politisk og økonomisk svekket at kirken sto alene igjen om å forsvare landets selvstendighet i unionen med Danmark. Uansett årsak er det et paradoks at helten i den tradisjonelle fortellingen om reformasjonen i Norge ikke har vært en protestantisk frigjører, men Olav Engelbrektsson, landets siste katolske erkebiskop.
Reformasjonen kom altså ikke til Norge som et resultat av religiøse prosesser innenlands, men gjennom påbud fra kongen i Danmark. Der hadde den sterkt lutherske Christian III nylig overtatt makten etter en blodig borgerkrig som
varte fra 1534 til 1536. Det første han gjorde som konge var å arrestere de danske biskopene, konfiskere kirkegodset og proklamere luthersk kristendom som rikets eneste tillatte religion. I sin såkalte håndfestning til den danske adelen slo han dessuten fast at Norge heretter ikke skulle regnes som et eget kongedømme, men styres direkte fra Danmark. I løpet av kort tid mistet Norge dermed både sin statlige og sin kirkelige uavhengighet. Erkebiskop Olav forsøkte å gjøre væpnet opprør mot de nye bestemmelsene, men måtte gi tapt for den danske overmakten og flyktet fra landet første påskedag 1537. Innen året var omme ble også de øvrige norske biskopene avsatt eller erstattet av lutheranere. Reformasjonen i Norge var et faktum.
Christian III var ifølge alle opplysninger en dypt religiøs mann, som visstnok ble omvendt til lutheranismen allerede i 1521. Likevel spørs det om ikke maktpolitikk var et vel så viktig motiv for gjennomføringen av reformasjonen som hans personlige tro. Christian var ikke den eneste av de europeiske fyrstene som så klare fordeler i å gjøre protestantismen til statsreligion. Avskaffelsen av katolisismen ga for det første store muligheter til å øke statens inntekter ved å inndra kirkegods og overføre en rekke kirkelige skatter og avgifter til kronen. Den forbedrede økonomien gjorde det i neste omgang mulig å etablere et større byråkrati under kongens kontroll i København samt et mer effektivt embetsverk i de ulike delene av riket. Denne utviklingen mot en sterkere og mer sentralstyrt stat var ledd i en langsiktig tendens som etter hvert skulle gjøre danskekongen til en av de mest eneveldige i Europa.
Etter de dramatiske begivenhetene i 1536 og 1537 gikk kongen varsommere fram på det religiøse området. Den største umiddelbare forandringen gjaldt hvordan den nye kirkeordningen skulle organiseres. Mens den katolske kirken bare hadde vært underlagt paven i Roma, sto kongen nå som kirkens overhode. Alle konfesjonelle spørsmål skulle i prinsippet avgjøres av ham, og både biskopene og prestene var fra nå av statlig ansatte embetsmenn. Den nye dansk-norske kirkens trosgrunnlag var fra første stund strengt lutheransk. Likevel tok det minst to generasjoner før alle rester av katolisisme hadde forsvunnet fra det offisielle kristenlivet, og i den folkelige religiøsiteten levde mange av de gamle trosforestillingene videre enda lenger.