I 1939 var Norge nøytralt. Stalin og Sovjet (Russland) hadde en ikke-angrepspakt med Hitler og det nasjonalsosialistiske Tyskland. I frykt for mulig angrep fra øst styrket den norske regjeringen grensevakten i Finnmark.
De tyske Wehrmacht-styrkene invaderte Norge 9. april 1940, men ble – midlertidig – slått tilbake i kampene ved Narvik. Dette var de alliertes første seier i Europa siden krigsutbruddet. Styrker fra Storbritannia, Polen og Frankrike kjempet sammen med nordnorske styrker og én bataljon fra Trøndelag. I Alta bataljon var det både nordmenn, samer og kvener. Nord-Norge var fritt én måned lengre enn Sør-Norge. Finnmark ble lite merket av invasjonen i april. Først 16. juni kom det tyske soldater til Kirkenes, etter at Norge hadde kapitulert 10. juni.
Hitler brøt pakten med Stalin i juni 1941 og gikk til angrep på Sovjetunionen. Dermed ble Sovjet en alliert. I Nord-Troms og Finnmark førte Hitlers «Festung Norwegen» til etablering av et sekstitall militære anlegg. Wehrmacht skulle hindre alliert invasjon på kysten, og også invadere Sovjet fra Øst-Finnmark. På det meste sto 250 000 tyske soldater i Nord-Troms og Finnmark.
De alliertes Murmansk-konvoier fraktet materiell til russiske styrker. Tyske konvoier gikk til Kirkenes forsyningshavn, med soldater og utstyr til Litzafronten ved Murmansk. Begge sider bombet fiendens konvoier. Tyske ubåter senket mange skip. Kysten var tett minelagt. Fra 1941 bombet russerne sammen med de allierte også strategiske mål og byer i Finnmark. Kirkenes ble bombet 328 ganger. I hele Europa var det bare Valletta på Malta som ble bombet flere ganger enn Kirkenes.