I september 1537 utstedte kongen en såkalt kirkeordinans som regulerte den nye, lutherske kirkens juridiske, økonomiske og konfesjonelle forhold. Ordinansen tok utgangspunkt i Martin Luthers lære om de to «regimenter», som satte et skarpt skille mellom det åndelige og det verdslige. Guds regiment (eller kirkens) omfattet bare troen og forkynnelsen. All annen makt lå under kongens regiment, som også inkluderte myndighet over kirken. Luthers grunntanke om frihet og likhet gjaldt med andre ord bare i teologisk forstand. Politisk var han autoritær og konservativ. Det var menneskets selvsagte plikt å adlyde fyrsten som kirkens overhode og troens beskytter.
Ordinansens prinsipp var altså krystallklart. Hele befolkningen skulle tilhøre den lutherske tro og kristenlivet organiseres slik kongen i København, ikke paven i Roma, bestemte. Christian III og hans etterfølgere forsto imidlertid at nordmennene var lite velvillig stemt overfor alt det nye og anbefalte sine embetsmenn å gå forsiktig fram i religiøse spørsmål. I henhold til kirkeordinansen var biskopene – som nå ble kalt superintendenter – fratatt sin verdslige makt. De fungerte heretter kun som kirkeledere og hadde som hovedoppgave å føre tilsyn med liv og lære i menighetene. Bispestolene ble fra første stund besatt med mer eller mindre overbeviste lutheranere. Flesteparten av de gamle sogneprestene fikk derimot beholde sine stillinger etter 1537, og det var først og fremst de som representerte kontinuiteten mellom katolisisme og protestantisme.
I protestantisk tid vokste det gradvis fram en ny og mer mangfoldig presterolle, ikke minst på det læremessige området. Mens de katolske prestene stort sett nøyde seg med å forrette sine latinske messer etter de fastlagte ritualer, ble det stilt stadig strengere krav til innholdet i den lutherske forkynnelsen. Superintendentene holdt nøye oppsyn med prestene under sine mange visitasreiser – både på prekestolen og i den pålagte undervisningen av voksne og unge i bibel- og katekismekunnskap. Gjennom moralske formaninger, praktisk opplysning og fyldige utlegninger av Skriften skulle befolkningen tilegne seg den sanne lære. Når Norge langsomt, men sikkert ble et sterkt protestantisk land, skyldes mest av alt de lokale sogneprestenes iherdige arbeid i menighetene over tid.
Prestens nye rolle som folkeoppdrager ble imidlertid ikke like godt mottatt overalt. Mange steder sank kirkebesøket kraftig i de første tiårene etter reformasjonen. Kirkebygninger forfalt, og det forekom tilfeller av overlagte prestedrap. Katolske tradisjoner som å knele og korse seg i kirken, overholde fasten, feire kyrmesse (sognekirkens innvielsesdag) og å reise til gamle valfartskirker holdt seg i enkelte områder gjennom flere generasjoner, unntaksvis helt fram til 1800-tallet.
Katolisismen stakk dypt i folkelivet, men senest 100 år etter reformasjonen er det grunnlag for å si at den lutherske kirkeordningen var fullt ut integrert i norsk mentalitet og væremåte. Sentralt i det nye tros- og samfunnslivet sto i enhver forstand presten – som lokal øvrighetsperson, moralsk rollefigur og formidler av åndelige, kulturelle og intellektuelle impulser.